21世纪初人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆前往能够移居的“约定之地·τ星e”但这一计划失败人类只得再度返回地球而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”在这个地球主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉　　但喜悦并未持续多久深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前晴男等人落花流水　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民米亚娜弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族他们会是人类的子孙吗——“弗图亚的神也被哥斯拉击破如今只剩下卵挑战者、抗争者全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”　　另一方面比尔沙尔德的指挥官·加尔格注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——